画heatmap很棒的软件HemI

http://hemi.biocuckoo.org/

很赞的免费小软件。

更新java

sudo apt-get install oracle-java7-installer

删除匹配行

sed '/test/'d example-----删除example文件所有包含test的行
 sed s/[[:space:]]//g  filename   删除所有空格

创建任意大小的文件And分割任意大小的文件（转）

[Shell学习笔记] 创建任意大小的文件And分割任意大小的文件

文章目录

[隐藏]

• 创建任意大小的文件
  • dd命令选项
  • dd命令示例
• 分割任意大小的文件
  • split命令
  • csplit命令

创建任意大小的文件

创建特定大小的文件最简单的方法就是利用dd命令，dd命令会克隆给定的内容，然后将一摸一样的副本写入到输出，stdin、设备文件、普通文件等都可以作为输入，stdout、设备文件、普通文件也都可以作为输出。

dd命令选项

• bs=字节数   将ibs（输入）与obs（输出）设成指定的字节数
• cbs=字节数   转换时，每次只转换指定的字节数
• conv=关键字   指定文件转换的方式
• count=区块数   仅读取指定的区块数
• ibs=字节数   每次读取的字节数
• obs=字节数   每次输出的字节数
• if=文件   输入的文件
• of=文件   输出到文件
• seek=区块数   一开始输出时，跳过指定的区块数
• skip=区块数   一开始读取时，跳过指定的区块数

dd命令示例

[root@localhost text]# dd if=/dev/zero of=sun.txt bs=1M count=1
1+0 records in
1+0 records out
1048576 bytes (1.0 MB) copied, 0.006107 seconds, 172 MB/s

[root@localhost text]# du -sh sun.txt 
1.1M    sun.txt

该命令创建了一个1M大小的文件sun.txt，其中参数解释：

• if 代表输入文件。如果不指定if，默认就会从stdin中读取输入。
• of 代表输出文件。如果不指定of，默认就会将stdout作为默认输出。
• bs 代表字节为单位的块大小。
• count 代表被复制的块数。
• /dev/zero 是一个字符设备，会不断返回0值字节（\0）。

块大小可以使用的计量单位表

单元大小	代码
字节（1B）	c
字节（2B）	w
块（512B）	b
千字节（1024B）	k
兆字节（1024KB）	M
吉字节（1024MB）	G

以上命令可以看出dd命令来测试内存操作速度：

1048576 bytes (1.0 MB) copied, 0.006107 seconds, 172 MB/s

分割任意大小的文件

有时需要将文件分割成更小的片段，比如为提高可读性，生成日志等。

split命令

split命令可以将一个大文件分割成很多个小文件，常用命令选项：

• -b  值为每一输出档案的大小，单位为 byte。
• -C  每一输出档中，单行的最大 byte 数。
• -d  使用数字作为后缀。
• -l  值为每一输出档的列数大小。

示例
生成一个大小为100KB的测试文件：

[root@localhost split]# dd if=/dev/zero bs=100k count=1 of=date.file
1+0 records in
1+0 records out
102400 bytes (102 kB) copied, 0.00043 seconds, 238 MB/s

使用split命令将上面创建的date.file文件分割成大小为10KB的小文件：

[root@localhost split]# split -b 10k date.file 
[root@localhost split]# ls
date.file  xaa  xab  xac  xad  xae  xaf  xag  xah  xai  xaj

文件被分割成多个带有字母的后缀文件，如果想用数字后缀可使用-d参数，同时可以使用-a length来指定后缀的长度：

[root@localhost split]# split -b 10k date.file -d -a 3
[root@localhost split]# ls
date.file  x000  x001  x002  x003  x004  x005  x006  x007  x008  x009

为分割后的文件指定文件名的前缀：

[root@localhost split]# split -b 10k date.file -d -a 3 split_file
[root@localhost split]# ls
date.file  split_file000  split_file001  split_file002  split_file003  split_file004  split_file005  split_file006  split_file007  split_file008  split_file009

使用-l选项根据文件的行数来分割文件，例如把文件分割成每个包含10行的小文件：

split -l 10 date.file

csplit命令

csplit命令是split的一个变体，split只能够根据文件大小或行数来分割，但csplit能够根据文件本身特点来分割文件。
示例测试文件 server.log

cat server.log
SERVER-1
[con] 10.10.10.1 suc
[con] 10.10.10.2 fai
[dis] 10.10.10.3 pen
[con] 10.10.10.4 suc
SERVER-2
[con] 10.10.10.5 suc
[con] 10.10.10.6 fai
[dis] 10.10.10.7 pen
[con] 10.10.10.8 suc
SERVER-3
[con] 10.10.10.9 suc
[con] 10.10.10.10 fai
[dis] 10.10.10.11 pen
[con] 10.10.10.12 suc

需要将server.log分割成server1.log、server2.log、server3.log，这些文件的内容分别取自原文件中不同的SERVER部分：

[root@localhost split]# csplit server.log /SERVER/ -n2 -s {*} -f server -b "%02d.log"; rm server00.log
[root@localhost split]# ls
server01.log  server02.log  server03.log  server.log

命令详细说明：

• /[正则表达式]/  匹配文本样式，比如/SERVER/，从第一行到包含SERVER的匹配行。
• {*}  表示根据匹配重复执行分割，直到文件尾停止，使用{整数}的形式指定分割执行的次数。
• -s  静默模式，不打印其他信息。
• -n  指定分割后的文件名后缀的数字个数。比如01、02、03等。
• -f  指定分割后的文件名前缀。
• -b  指定后缀格式。比如%02d.log，类似于C语言中的printf参数格式。
• rm server00.log  是删除第一个文件，因为分割后的的第一个文件没有内容，匹配的单词就位于文件的第一行中。

grep 多次匹配

grep 同时满足多个关键字和满足任意关键字

① grep -E "word1|word2|word3"   file.txt

   满足任意条件（word1、word2和word3之一）将匹配。

② grep word1 file.txt | grep word2 |grep word3

   必须同时满足三个条件（word1、word2和word3）才匹配。

打印匹配行，以及显示匹配行下面的的几行（转）

grep -A 5 pattern yourfile   显示匹配pattern的行以及后面五行。


-A 后面跟着你想要显示几行，

grep手册中的解释：
Context Line Control
-A NUM, --after-context=NUM
Print NUM lines of trailing context after matching lines.
Places a line containing a group separator (--) between
contiguous groups of matches. With the -o or --only-matching
option, this has no effect and a warning is given.

-B NUM, --before-context=NUM
Print NUM lines of leading context before matching lines.
Places a line containing a group separator (--) between
contiguous groups of matches. With the -o or --only-matching
option, this has no effect and a warning is given.

-C NUM, -NUM, --context=NUM
Print NUM lines of output context. Places a line containing a
group separator (--) between contiguous groups of matches. With
the -o or --only-matching option, this has no effect and a
warning is given.

 
简单翻译就是，-A -B -C 后面都跟阿拉伯数字，-A是显示匹配后和它后面的n行。-B是显示匹配行和它前面的n行。-C是匹配行和它前后各n行。总体来说，-C覆盖面最大。用它保险些。

匹配行

sed -n -e '/pattern/p' 文件>新文件

blat 安装（转贴-修改版）

blat是一款很经典的比对工具，与blast相比，具有速度快、共线性输出比对结果等优点。
0、下载地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
1、解压 blastSrc.zip文件夹，并进入blastSrc；
2、在bash下输入"uname -a"(不要加双引号)查看Linux版本类型，我的机器得到下面信息：
3、我们只需要第2步骤里面类似(i386 i686 sparc alpha x86_64 ppc)信息，针对我的系统，就是x86_64
4、在bash下输入"export MACHTYPE=x86_64"(不要加双引号)并回车
5、新建~/bin/$MACHTYPE文件夹(针对我的机器，就是~/bin/x86_64)，在bash下输入"mkdir ~/bin/x86_64"(不要加双引号)并回车
6、在bash下输入"make"(不要加双引号)并回车
7、将"~/bin/x86_64"加入环境变量export PATH=~/bin/x86_64

（应为  export PATH="/home/账户名/perl5/bin:$PATH;/bin:/usr/bin:~/bin/i686";      把~/bin/x86_64添加到已有的path语句的冒号后面）
8、这样我们就将blat安装好了。
注意：第7步最好是将blat的绝对路径写入到~/.bashrc文件中，即在"export PATH="后面插入"~/bin/x86_64:"(不要加双引号)，然后用edit工具打开.bashrc文件 更新环境变量，即可永久使用。