blat是一款很经典的比对工具,与blast相比,具有速度快、共线性输出比对结果等优点。
0、下载地址:http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
1、解压 blastSrc.zip文件夹,并进入blastSrc;
2、在bash下输入"uname -a"(不要加双引号)查看Linux版本类型,我的机器得到下面信息:
3、我们只需要第2步骤里面类似(i386 i686 sparc alpha x86_64 ppc)信息,针对我的系统,就是x86_64
4、在bash下输入"export MACHTYPE=x86_64"(不要加双引号)并回车
5、新建~/bin/$MACHTYPE文件夹(针对我的机器,就是~/bin/x86_64),在bash下输入"mkdir ~/bin/x86_64"(不要加双引号)并回车
6、在bash下输入"make"(不要加双引号)并回车
7、将"~/bin/x86_64"加入环境变量export PATH=~/bin/x86_64
(应为 export PATH="/home/账户名/perl5/bin:$PATH;/bin:/usr/bin:~/bin/i686"; 把~/bin/x86_64添加到已有的path语句的冒号后面)
8、这样我们就将blat安装好了。
注意:第7步最好是将blat的绝对路径写入到~/.bashrc文件中,即在"export PATH="后面插入"~/bin/x86_64:"(不要加双引号),然后用edit工具打开.bashrc文件 更新环境变量,即可永久使用。