windows安装java 3d

找到java3d-1_5_0-windows-i586.exe 安装

R画图heatmap

http://flowingdata.com/2010/01/21/how-to-make-a-heatmap-a-quick-and-easy-solution/


以下是根据自己数据调整的步骤。

nba=read.table("heatmap.txt",header=T,check.names=FALSE) （check name 让header不要加上X）
row.names(nba) <- nba$gene  （$gene   第一行第一列的 内容是A就写成$A）
nba <- nba[,2:7]     （一共7列）
nba_matrix <- data.matrix(nba)  （取数列矩阵）

bitmap(file = "test1.jpeg", type = "jpeg", res = 1200)  (高清jpeg格式)
pheatmap(nba_matrix, color = colorRampPalette(c("red", "black", "green"))(75), fontsize=9, fontsize_row=6)

dev.off()

安装.bin 文件

./XXX.bin运行一下，如果不可以就再转换一下文件属性：chmod +x XXX.bin

MEME suit 安装失败的解决办法

The solution is simple, just reconfigure with the two flags "--enable-build-libxml" and "--enable-build-libxslt" and recompile the c code:
./configure --prefix=$HOME/dev/plas/meme --with-url=http://meme.nbcr.net/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
cd src
make clean
cd ..
make
make test

make install

export PATH=$PATH:/home/yourname/meme/bin

check path  with

export

简单好用的在线作图网站processon

https://www.processon.com/
比ppt作图好太多了.

用EXCEL計算student's t test之p value(转)

原帖：

 

http://bioant.blogspot.com/2009/12/excelstudent-t-testp-value.html
用EXCEL計算student's t test之p value

在數值統計分析應用上，對於兩組數據差異程度判定，通常是以期望值p valuse來做為判斷的依據 
p<0.05表示兩組數據之間達到統計分析上"顯著差異"的標準 
p<0.001表示兩組數據之間達到統計分析上"非常顯著差異"的標準 

計算這一類東西，大多數人會聽從學校的教育 
找統計學軟體來安裝，而其實excel就有內建這功能了 

只用的函數名稱為TTEST(array1,array2,tails,type) 
(1)array1表示第1組數據，寫法可分直接寫和excel座標 

	A	B
1	1	11
2	2	12
3	3	13
4	4	14
5	5	15
6	6	16
7	7	17
8	8	18
9	9	19
10	10	20

ex：第1組數據如果是1~10則可以用{1;2;3;4;5;6;7;8;9;10}表示 ，或是描述1~10所在的位置，可用A1:A10表示，同理array2可為{11;12;13;14;15;16;17;18;19;20}或B1:B10 

(2)tails則是告訴程式是單尾分佈(數值只為+或是只為-)、還是雙尾分佈(+-值都有)，單尾則寫1、雙尾寫2 
(3)type則是檢定得種類，1是成偶(兩組同一母體相依的數據，如治療前後)、2是具有相同變異數(通常只來自於同一母體的2樣本)、3是具有不同變異數 

所以以上資料是具有相同變異數的單尾分佈資料，計算公式為=ttest(A1:A10,B1:B10,1,2)，p value為0.000000375 
因為p<0.001所以兩組數據差異非常顯著 
--------------------------------------------------------------- 2011.10.17補充 
應鄉民要求，對TTEST的檢定種類(type)再做一些說明 
(1)是成對資料：相同的100個人，減肥前&減肥後體重；吃藥前&吃藥後血壓 
(2、3)相同變異數與不同變異數的資料：如：大人跟小孩吃東西的多寡；男生女生睡眠的長短。選擇的標準是"變異數" 
若FTEST(array1,array2)>=0.05，表示兩組數據的變異數相同，請使用(2)

若FTEST(array1,array2)<0.05，表示兩組數據的變異數不同，請使用(3)

合并第一列相同的行（转）

awk '{a[$1]=a[$1]?a[$1]" "$2:$2}END{for(i in a) print i,a[i]}'

合并第一列相同的行。

必须先sort