R画图heatmap

http://flowingdata.com/2010/01/21/how-to-make-a-heatmap-a-quick-and-easy-solution/


以下是根据自己数据调整的步骤。

nba=read.table("heatmap.txt",header=T,check.names=FALSE) （check name 让header不要加上X）
row.names(nba) <- nba$gene  （$gene   第一行第一列的 内容是A就写成$A）
nba <- nba[,2:7]     （一共7列）
nba_matrix <- data.matrix(nba)  （取数列矩阵）

bitmap(file = "test1.jpeg", type = "jpeg", res = 1200)  (高清jpeg格式)
pheatmap(nba_matrix, color = colorRampPalette(c("red", "black", "green"))(75), fontsize=9, fontsize_row=6)

dev.off()

安装.bin 文件

./XXX.bin运行一下，如果不可以就再转换一下文件属性：chmod +x XXX.bin

MEME suit 安装失败的解决办法

The solution is simple, just reconfigure with the two flags "--enable-build-libxml" and "--enable-build-libxslt" and recompile the c code:
./configure --prefix=$HOME/dev/plas/meme --with-url=http://meme.nbcr.net/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
cd src
make clean
cd ..
make
make test

make install

export PATH=$PATH:/home/yourname/meme/bin

check path  with

export